Vizuelizacija visoko-dimenzionih genomskih podataka uz pomoć t-SNE

Vizuelizacija genomskih podataka uz pomoć t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) metode biće tema novog BelgradeR meetupa koji se održava 28. februara.

Vizuelizacija genomskih podataka

Tehnološki napredak u oblasti sekvenciranja ljudskog genoma omogućava nam da kvantifikujemo mnoge ćelijske procese brzo, jeftino i sa velikom preciznošću. Na primeru procesa transkripcije postiže se rezolucija do nivoa pojedinog gena (~ 20.000) svake pojedinačne ćelije u nekoj studiji. Izazov tumačenja ovako dobijenih i izvedenih podataka se u nekim slučajevima uspešno može rešiti t-SNE pristupom.

t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding

Za t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) se prvi put čulo 2008. godine kada su Lorens van der Marten i Džefri Hinton predstavili tehniku u časopisu Journal of Machine Learning Research. Ova tehnika mašinskog učenja se koristi za redukciju dimenzionalnosti podataka, a vizuelizacija genomskih podataka je samo jedna od mogućih primena.

U R okruženju t-SNE je zastupljen sa nekoliko implementacija, a sama tehnika je centralna i nekim R/Bioconductor paketima. Pored R-a, t-SNE je prisutan u maltene svim relevantnim programskim jezicima. Kao najbrža se pokazala Barnes-Hut t-SNE implementacija koja je dostupna za R, Python, C++ i Matlab.

Akcenat predavanja će biti na samoj metodi i njenoj upotrebi korišćenjem programskog jezika R, a tokom kratkog uvoda će biti objašnjeni neophodni bioinformatički pojmovi.

Gde i kad?

BelgradeR meetup posvećen vizuelizaciji genomskih podataka se održava u utorak 28. februara u 18:15. Ovog puta ćemo se družiti u prostorijama kompanije Seven Bridges, ulica Omladinskih brigada 90g.

Broj mesta je ograničen na 150. Da biste obezbedili učešće, posetite stranicu BelgradeR Meetup grupe i prijavite se.

Predavač će biti Dušan Ranđelović, astrofizičar koji je postao bioinformatičar i vođa jednog od bioinformatičkih timova u kompaniji Seven Bridges. Dušan je R developer, Python korisnik i nekadašnji fan Ruby-ja. Radio je web, mobile i neke IoT projekte: kao preduzetnik, developer i IT arhitekta.